Durante el gobierno de Cleopatra la república de Roma entro en guerra civil y Pompeyo que fue gran protector de Egipto en tiempos anteriores huyo hacia Egipto habiendo perdido contra Julio César, el rey Ptolomeo XIII lo recibió y también  ordeno su muerte para obtener apoyos de César.
César vio en Egipto un poderoso aliado para Roma y también una gran despensa para todo su imperio, se traslado largo tiempo a Alejandría para vivir allí junto a Cleopatra y a Ptolomeo XIII que vivía allí más como rehén que como rey dándole un mayor poder a la reina que mantenía una relación amorosa con el líder romano. Ptolomeo no soportaba este poder que tenía su hermana y por eso comenzó una campaña de conspiraciones contra los dos amantes haciendo levantarse a muchos egipcios que asediaron la ciudad de Alejandría, pero después de un largo asedio las tropas romanas consiguieron proclamarse vencedoras haciendo huir a todos los que se rebelaron en contra suya enpujandolos al Nilo y muriendo en el fango, entre los muertos se encontraba Ptolomeo XIII que intentando huir se ahogo.